3.2 Сравнение результатов видовой идентификации Candida spp. методами ДНК-секвенирования и MALDI-TOF масс-спектрометрии

Определили видовую принадлежность 97 штаммов грибов из рода Candida референтным методом - ДНК-секвенированием, в соответствии с международным протоколом CLSI MM18-A (рисунок 6) и методом MALDI- TOF масс-спектрометрии (рисунок 7).

7.2

1 1 1 1

11.4

50.5

12.5

Рисунок 6 – Спектр грибов рода Candida, идентифицированных методом

ДНК-секвенирования (n=97).

По результатам исследования 97 штаммов методом ДНК-

секвенирования было определено 9 видов Candida, среди которых C. albicans

- 50,5%, другие виды Candida - 49,5% (C. parapsilosis - 14,4%, C. tropicalis –

12,4%, C. glabrata - 11,4%, C. krusei - 7,3%, C. lipolytica,C. lusitanie, C. bracarensis, C. kefyr - по 1,0 %).

По результатам видовой идентификации методом MALDI-TOF масс- спектрометрии 97 изолятов Candida spp.

C. kefyr - по 1,0%).

7.2

1 1 1 1

11.4

50.5

12.5

Рисунок 7 – Видовой спектр Candida spp., определенный методом MALDI- TOF масс-спектрометрии (n=97).

При сравнении результатов, полученных методом MALDI-TOF масс- спектрометрии и ДНК-секвенирования обнаружено совпадение в 100% случаев (таблица 9).

Таблица 9 – Результаты идентификации видов Candida spp. с помощью

методов ДНК-секвенирования и MALDI-TOF масс-спектрометрии (n=97)

Примечание. ИД - идентификация

Так как ДНК-секвенирование является дорогим, трудоемким, продолжительным по времени методом, требующим специально обученного персонала, в настоящее время его неприменяют в большинстве микробиологических лабораторий.

Учитывая сопоставимость результатов двух методов, в качестве альтернативного мы применили метод быстрой и точной диагностики – MALDI-TOF масс-спектрометрии. В дальнейшем исследовании мы сравнили результаты видовой идентификации возбудителей ИК, полученных методами MALDI-TOF масс-спектрометрии и биохимической тест-системой AUXACOLOR2.