Результаты классификации масс-спектров SELDI-TOF методом пар с наибольшим счетом
Классификатор метода пар с наибольшим счетом (TSP) был предложен для обработки данных ДНК-микрочипов и идентификации генов-маркеров [Xu et al, 2005]. Этот алгоритм классифицирует образцы на основе разностей интенсивностей пиков, а не абсолютных значений интенсивностей, отбирая одну или несколько (k-TSP) пар биомаркеров с наибольшей разницей интенсивностей.
Так как данные масс-спектрометрии в целом аналогичны данным ДНК-микрочипов, мы применили TSP-классификацию к спектрам исследуемой выборки, что позволило выявить только одну пару с наибольшим счетом, состоящую из интенсивностей пиков 11681 Да и 13769 Да. В случае, если разность интенсивностей указанных пиков положительна, исследуемый образец классифицировали как «рак», если отрицательна, то как «отсутствие рака».Оба пика выбранной пары соответствовали известным маркерам рака яичника. Так, пик с m/z 11681 Да соответствует основной форме A-SAA [Moshkovskii et al, 2005], концентрация которого при раке яичника повышается, а пик с m/z около 13769 Да, соответствует нативной форме транстиретина, концентрация которого понижается при раке яичника [Gericke et al, 2005].
Пара маркеров, отобранная в нашем исследовании - A-SAA-TTR, представляет собой новую бинарную переменную (разность интенсивностей, принимающую положительные или отрицательные значения), которую можно комбинировать с данными иммуноферментного анализа для улучшения классификации.
3.5.