3.8 Молекулярно-генетические особенности возбудителей инвазивного кандидоза
Для исследования полиморфизма региона D1/D2 гена 28S рРНК нами был выбран вид C. parapsilosis, которому принадлежит ведущая роль в развитии инвазивного кандидоза, вызванного C. не-albicans.
В ходе исследования было получено 11 последовательностей данного региона для исследуемых штаммов C. parapsilosis, четырёх – для контрольных (типовые штаммы РКПГ), а также одного клинического штамма с не определённой чувствительностью к противогрибковым препаратам.Полученные последовательности были выравнены и обрезаны по самым коротким, длина окончательного выравнивания составила 416 пар нуклеотидов (рисунок 38). Исключение составил штамм A., для которого удалось получить последовательность длиной только в 318 п.н.
Показатель отличия
Рисунок 35 – Масс-спектры исследуемых штаммов C. parapsilosis и штаммов из зарубежных коллекций.
Показатель отличия
Рисунок 36 – Масс-спектры исследуемых штаммов и штаммов из зарубежных коллекций C. bracarensis.
Показатель отличия
Рисунок 37 – Масс-спектры исследуемых штаммов и зарубежных коллекций C. utilis
Рисунок 38 – Выравненные последовательности региона D1/D2 гена 28S
рРНК C. parapsilosis.
В пределах полученного выравнивания нами было выявлено шесть полиморфных вариантов (однонуклеотидных замен) (таблица 12).
Таблица 12 – Обнаруженные Однонуклеотидные полиморфные варианты региона D1/D2 гена 28S рРНК C. parapsilosis.
| № п/п | Однонуклеотидные замены | Исследованный штамм |
| 1 | C23G | St. |
| 2 | T73C | Tyum_1 |
| 3 | 80delT | M_5 |
| 4 | A101G | Tyum_1 |
| 5 | C372T | RCPF 1206, RCPF 1321 |
| 6 | T409C | Tyum_1 |
Однонуклеотидные замены нуклеотидов были зарегистрированы в анализируемой последовательности в позициях 23, 73, 80, 102, 372, 409, считая от начала выравнивания.
Устойчивые к азолам штаммы C. parapsilosis (М4_2 и A.) оказались в группе 11 штаммов с основным типом последовательности региона D1/D2. Таким образом, ген 28S рРНК штаммов C. parapsilosis, выделенных от пациентов с микологической патологией г. Санкт-Петербурга, имеет однонуклеотидные полиморфные варианты. Однако имеющегося материала пока недостаточно для того, чтобы сделать определённые выводы о практической ценности изучения последовательности локуса D1/D2 гена 28S рРНК Candida spp. для выявления резистентных изолятов. Вместе с тем, в настоящей работе сделан задел для такого исследования — создана коллекция устойчивых изолятов, для которых может быть проведено молекулярно-генетическое типирование.
Еще по теме 3.8 Молекулярно-генетические особенности возбудителей инвазивного кандидоза:
- ОГЛАВЛЕНИЕ
- ВВЕДЕНИЕ
- 1.2 Грибы рода Candida - возбудители инвазивного кандидоза
- 1.3 Современные подходы к видовой идентификации возбудителей инвазивного кандидоза
- AUXACOLOR 2
- 3.8 Молекулярно-генетические особенности возбудителей инвазивного кандидоза
- ГЛАВА 5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ