ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ………………………………………………………………………..5

ГЛАВА 1 Внутрибольничный инвазивный кандидоз - проблемы современной лабораторной диагностики (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)………………………...10

1.1 Краткая историческая справка……………………………………………...10

1.2 Грибы рода Candida –возбудители инвазивного кандидоза………….…..14

1.3 Современные подходы к видовой идентификации возбудителей инвазивного кандидоза……………………………………………………...21

1.4 Чувствительность возбудителей инвазивного кандидоза к противогрибковым препаратам……………………………………………..31

1.5 Современные методы определения чувствительности Candida spp.

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ…………………..43

2.1 Объекты исследования………………………………………………………43

2.2 Подготовка культур Candida spp. ……………………………………….…43

2.3 Идентификация Candida spp. методом ДНК – секвенирования………….44

2.4 Идентификация Candida spp. методом MALDI-TOF масс-

спектрометрии………………………………………………………………..46

2.4.1 Изучение комплекса видов C. parapsilosis………………………….48

2.5 Видовая идентификация возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза с помощью тест-системы AUXACOLOR2……………………..49

2.6 Изучение морфологических особенностей возбудителей инвазивного кандидоз ……………………………………………………………………...49

2.7 Методы определения чувствительности Candida spp. к противогрибковым препаратам in vitro …………………………...………………………………50

2.7.1 Метод микроразведений в жидкой питательной среде - CLSI M27- A3……………………………………………………………………….51

2.7.2 Диско-диффузионный метод определения чувствительности - CLSI M44-А……...…………………………………………………………...54

2.7.3 Определение чувствительности с помощью микробиологического анализатора Vitek 2 Compact…………..……………………………...55

2.8 Статистическая обработка результатов……………………………………55

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ГЛАВА 3 Определение видового спектра клинических изолятов Candida spp…………………………………………………………………………………56

3.1 Источники выделения возбудителей инвазивного кандидоза……..……………………………………………………………….56

3.2 Сравнение результатов видовой идентификации Candida spp. методами

ДНК-секвенирования и MALDI-TOF масс-спектрометрии ………………57

3.3 Сравнение результатов видовой идентификации штаммов Candida spp.

3.4 Видовой спектр возбудителей внутрибольничного инвазивного кандидоза в течение 2012-2014 гг……………………………………………………….66

3.5 Географические особенности этиологии инвазивного кандидоза ……….69

3.6 Морфологические особенности возбудителей инвазивного кандидоза....71

3.7 Протеомное профилирование возбудителей инвазивного кандидоза……81

3.8 Молекулярно-генетические особенности возбудителей инвазивного кандидоза ……………………………………………………………………..83

ГЛАВА 4 Определение чувствительности клинических изолятов Candida spp.

к противогрибковым препаратам…………………………………...…………..89

4.1 Результаты определения чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза методом CLSI M27-A3…………………………………..……..89

4.1.1 МПК противогрибковых препаратов для различных видов Candida

spp…………………………………………………….………………...92

4.2 Результаты определения чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза методом CLSI M44-А……..........................................................99

4.3Результаты определения чувствительности возбудителей инвазивного кандидоза с помощью анализатора Vitek2 Compact.................................102

ГЛАВА 5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ……………………………………………………..108

ВЫВОДЫ………………………………………………………………….……119

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ……………………………………….121

ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ…………………………………..…122

СПИСОК УСЛОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ………………………………….....123

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ……………………………………………………...124