14.2. Критерии CpG-островков.
При анализе CpG-островка используют три основных критерия: распределение CpG динуклеотида по нуклеотидной последовательности, GC состав и длина последовательности. Для оценки распределения CpG динуклеотида вычисляется показатель Н/Т по следующей формуле:
H = n х N
T ~ NC х NG
где H - наблюдаемое число CpG динуклеотидов; T - теоретическое число CpG динуклеотидов; n - число CpG в последовательности; N - общее число нуклеотидов в последовательности; NC - число остатков цитозина; NG - число остатков гуанина.
Для CpG островков этот показатель > 0.6. Характерной особенностью CpG островков является так же повышенный GC состав, который определяется как доля цитозиновых и гуаниновых нуклеотидов в составе последовательности. Для CpG островков данный показатель превышает 0.5. Длина CpG-островка колеблется от 200 н.п. до нескольких тысяч, составляя в среднем 1 т. н. п.При анализе нуклеотидной последовательности на наличие CpG-островка использовалась компьютерная программа предсказания CpG-островков - WWWCPG program (http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl). В данной программе использовались следующие критерии CpG-островков: длина более 200 п.н., GC состав > 0.5, показатель Н/Т > 0.6 (Gardiner-Garden and Frommer 1987). Наличие повторов в последовательности ДНК определяли с помощью компьютерной программы обнаружения повторов REPEAT (http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwrepeat.pl).
- 57 -
Еще по теме 14.2. Критерии CpG-островков.:
- 1.4. Определение полного размера CpG-островка гена /ЗА-адаптина.
- Методы идентификации CpG-островков, аберрантно-метилированных в опухолях.
- 1.З. Определение статуса метилирования CpG-островка З2 при раке шейки матки.
- 1. Поиск CpG-островков, гиперметилированных в опухолях шейки матки
- 2.2. Изучение статуса метилирования CpG-островка гена /ЗА-адаптина в опухолях шейки матки и в клеточных линиях рака шейки матки.
- Методы анализа статуса метилирования CpG динуклеотидов.
- Приложение 6 Анкета самооценки на соответствие критериям Премии Правительства РФ в области качества (фрагмент оценки по критерию «Персонал»)
- 2.8. Оценка критериев качества
- Билет 11. Проблема критерия в психодиагностике.
- Диагностические критерии АФС
- Критерии окончанияСЛР
- Социальный критерий трудоспособности
- Критерии включения и исключения