7.1. Праймеры.

При выборе праймеров, для повышения специфичности ПЦР, необходимо следовать некоторым требованиям. Так, длина праймера должна быть от 18 до 40 нуклеотидов в зависимости от назначения.

Следует избегать появления вторичных структур в праймере и более трех-четырех одинаковых нуклеотидов подряд. Используемые в одной реакции праймеры не должны иметь комплементарных участков. Для оценки структуры праймеров мы использовали компьютерную программу Oligo 4.1 Primer Analysis Software. Состав праймеров, использованных в данной работе, приведен в таблице 2.

Таблица 2. Праймеры.

Праймер	Состав	t °C 1отж? v
Статистические GC-богатые праймеры
СП-2	aac cct cac cct aac cgc gg	55
СП-3	aac cct cac cct aac ccg cg	55
OI-SRA1	gca cct ggg ttg atg gcc gg	60
OI-SRA2	gca ggg gtc agt cgc tcc gg	60
СП-SRA3	tta ggg aat agt ggt cgg cc	55
Ген-специфические праймеры
рЗЛ-адаптин
26-1	gcg gca atg tcc agc aat agt	60
26-3	cct gag ccc agc cca agt c	60
26-5	ctt cct gga gag gag cgg g	60
26-6	aat cat ccc aac aat ccg ctt	60
26-7	tgc cct ctg gac tgg aac ct	60
26-8	cgc tgc taa aga ggc cga ag	60
26-9	ctt cgg cct ctt tag cag cg	60
26-10	agg ttc cag tcc aga ggg ca	60
26-11	ggg tgg gct tcc tgg aga g	60
26-12	ctt tgg aga aag ata ccc att g	60
26-13	tgc aat cgg tat ctt tct cca a	60
26-14	gac tgc cag gtc ggc tca gg	60
GAPDH
GAPDH-f	acc aca gtc cat gcc atc ac	60
GAPDH-r	tcc acc acc ctg ttg ctg ta	60
Метилспецифические праймеры
Adp-bis-1	ggg tgg taa ttt agt agg ttt gta tat tg	50
Adp-bis-2	aca tta ccg cga tac taa cga ata c	52
Adp-bis-3	taa aaa cta cta aaa acc cct aca cac at	50

Температура отжига определяет жесткость условий гибридизации праймеров с мишенью и, следовательно, специфичность амплификации; она

зависит от длины праймеров и их GC-содержания. Для приблизительной оценки температуры отжига мы использовали следующую формулу:

4оС х (G + C) + 2oC х (A + T) - 4.

Точное значение температуры подбирали экспериментальным путем, используя температурный градиент.

<< | >>

↑

Источник: ПЕТРЕНКО АНАТОЛИЙ АНАТОЛЬЕВИЧ. Анализ метилирования ДНК при раке шейки матки. 2003

Еще по теме 7.1. Праймеры.:

- Детская онкология - Кардиоонкология - Лечение онкологических заболеваний - Онкогастроэнтерология - Онконефрология - Паллиативная медицина -

- Pediatrics - Акушерство и гинекология - Анатомия - Андрология - Биология - Болезни уха, горла и носа - Валеология - Ветеринария - Внутренние болезни - Военно-полевая медицина - Восстановительная медицина - Гастроэнтерология и гепатология - Гематология - Геронтология, гериатрия - Гигиена и санэпидконтроль - Дерматология - Диетология - Здравоохранение - Иммунология и аллергология - Интенсивная терапия, анестезиология и реанимация - Инфекционные заболевания - Информационные технологии в медицине - История медицины - Кардиология - Клинические методы диагностики - Кожные и венерические болезни - Комплементарная медицина - Лучевая диагностика, лучевая терапия - Маммология - Медицина катастроф - Медицинская паразитология - Медицинская этика - Медицинские приборы - Медицинское право - Наследственные болезни - Неврология и нейрохирургия - Нефрология - Онкология - Организация системы здравоохранения - Оториноларингология - Офтальмология - Патофизиология - Педиатрия - Приборы медицинского назначения - Психиатрия - Психология - Пульмонология - Стоматология - Судебная медицина - Токсикология - Травматология - Фармакология и фармацевтика - Физиология - Фтизиатрия - Хирургия - Эмбриология и гистология - Эпидемиология -