Дискриминаторные пики, отобранные различными классификаторами

В таблице №11 приведен список пиков, отобранных различными классификаторами. Приведены данные, получены на основе только масс- спектрометрических профилей и путем комбинирования масс- спектрометрических профилей с данными иммуноферментного анализа концентраций A-SAA и СА125.

Среди дискриминаторных пиков несколько пиков соответствуют разным формам сывороточного амилоида. Так, дискриминаторный пик 11681 Да, соответствующий мажорной форме сывороточного амилоида А, SAA1a, присутствует среди дискриминаторных пиков, полученных как методом логистической регрессии, так и методом опорных векторов при использовании масс-спектрометических данных и отсутствует при добавлении к ним данных ИФА. Это объясняется тем, что интенсивность масс-спектрометрического сигнала коррелирует с концентрацией А-SAA в сыворотке, и при добавлении данных ИФА масс-спектрометрические данные об уровне данного маркера в крови оказываются избыточными. При использовании комбинированных данных иммуноферментного анализа и масс-спектрометрии в качестве биомаркеров отбраны другие формы A-SAA (например, форма с m/z 11728 Да).

Таблица №13

Дискриминаторные пики, отобранные методами опорных векторов, логистической регрессии и пар с наибольшим счетом при применении этих методов на масс-спектрометических данных и комбинации масс-спектрометических и данных ИФА

Среди дискриминаторных пиков присутствуют пики, соответствующие нативной и цистеинилированной формам транстиретина, причем пик цистеинилированной формы был отобран всеми четырьмя классификаторами. Эти результаты хорошо согласуются с литературными данными, согласно которым обе упомянутые формы TTR имеют при раке яичника пониженную концентрацию [Kozak et al, 2005].

Одним из маркерных пиков, отобранных методом опорных векторов, является пик 6441 Да, соответствующий аполипопротеину СІ с отщепленными N-концевыми треонином и пролином.

Природа двух маркерных пиков, 10265 и 12168 Да, выявленных одновременно всеми четырьмя использованными методами, осталась невыясненной. В то же время то обстоятельство, что они были выявлены несколькими независимыми методами, говорит о том, что они имеют биологический смысл и не являются артефактами.

Хотя, как было рассмотрено выше, комбинирование значений концентраций А-SAA и СА125, измеренных методом ИФА не привело к повышению точности диагностики рака яичников, среди дискриминаторных масс-спектрометрических пиков присутствуют несколько форм А-SAA. По- видимому, наличие данных о соотношении различных модификаций биомаркеров вносит вклад в повышение эффективности диагностики.

Таким образом, результаты проведенного исследования показали, что

используя масс-спектрометрическую технологию SELDI-TOF можно с достаточно высокой эффективностью определения сыворотки крови больных раком яичников, здоровых женщин и больных доброкачественными

опухолями яичников и миомой матки.

Основой разработанной экспериментальной диагностической системы являются масс-спектрометрические данные, использование которых в отдельности позволило получить точность диагностики около 90%.

Добавление к масс-спектрометрическим данным данных иммуноферментного анализа о концентрациях A-SAA и СА125 привело к повышению точности диагностики до 95,2%. Наилучшие результаты были достигнуты при применении метода опорных векторов.

Преимуществом предложенного нами метода профилирования является его простота. Отсутствие стадий префракционирования сыворотки приводит к повышению воспроизводимости результатов и увеличивает шансы на внедрение методики в практическую диагностику.

На основе результатов кластерного анализа масс-спектрометрических данных показано, что несколько дискриминаторных масс-спектрометрических пиков соответствуют сывороточному амилоиду А острой фазы, транстиретину и их модификациям.

Полученные результаты могут служить предпосылками для разработки специального аппаратно-программного комплекса.