Материалы и методы
Несмотря на широкое применение методов математического моделирования в биологии и медицине, о математизации этих дисциплин говорить еще рано. В силу широкого разнообразия биологических явлений до сих пор не разработаны базовые, универсальные принципы математического моделирования как простых, так и сложных организмов.
Вместе с тем важность математического подхода в медицине очевидна. До сих пор большинство заболеваний рассматривается как набор тех или иных качественных, связанных между собой признаков. Именно оценка качественных признаков лежит в основе практически всех классификаций болезней. С другой стороны понятно, что классификация заболевания или патологического состояния была бы более информативной, если бы в ее основу был положен количественный принцип. Оценка тяжести врачебного воздействия на организм, как правило, основана на анализе качественных признаков. Такие понятия, как «объем оперативного вмешательства», «тяжесть операции» не несут в себе никакой числовой информации.
Анализ большого числа количественных параметров при тех или иных патологических процессах, тем не менее, не приближает исследователя к построению математической модели больного организма.
Все это означает, что необходим иной базовый подход к моделированию биологических процессов в организме. Объективной предпосылкой к формированию такого подхода является широкое внедрение методов послойной компьютерной томографии в биологию и медицину. Растровое изображение таких слоев является основой для создания новых баз данных, содержащих информацию о состоянии каждой точки биологического объекта. В конце 80-х годов в лаборатории медицинской информатики ВЦ ДВО РАН (АН СССР) под руководством академика Е.В. Золотова была разработана идеология информационного моделирования объектов живой природы, основанная на теоретико-игровом подходе к задачам распознавания образов, аксонометрических принципах построения специализированных баз данных и логико-семантических представлениях о процессах жизнедеятельности организма [2, 4, 5, 10].
Актуальность подобного подхода к биоинформационным системам связана с возможностями многоаспектного применения современных средств вычислительной техники, информатики в задачах доказательной медицины, широкого использования информационной среды Интернет для повышения эффективности профилактики, диагностики и лечения заболеваний. Научное значение наших работ по гранту РФФИ 04-07-97002 связано с разработкой универсального подхода к унифицированной методологии создания биологической информационной системы (БИС) для дальнейших перспективных исследований патофизиологических механизмов, происхождения и развития заболеваний; для изучения устойчивости организма человека и животных, проблем экологической физиологии, биологии развития, а также в теоретической области разработки нейрокомпьютеров, синергетических компьютеров; задач нейрофизиологии и нейробионики. При этом наш взіляд на биоинформационные системы несколько отличается от общепринятого. Как известно, под биоинформатикой понимается область науки, разрабатывающая и применяющая вычислительные алгоритмы для анализа и систематизации генетической информации с целью выяснения структуры и функции макромолекул с последующим использованием этих знаний для создания новых лекарственных препаратов.ВИМ биологического объекта представляет собой особый способ компьютерного моделирования объекта, результатом которого является создание как многомерной структурной модели (формы) биологического объекта, так и моделей его физиологического и патолого-физиологического функционирования. При этом и модель структуры (формы) и модель функции (параметров) максимально приближены к реальным форме и функциям моделируемого объекта [3, 11, 13]. ВИМ биообъекта состоит из базы данных и основных и вспомогательных программ, обращающихся к БД и осуществляющих непосредственный процесс моделирования. Прообразом ВИМ биообъекта является первичная многомерная модель, полученная на основе многомерного моделирования серии послойных срезов изучаемого объекта.
В процессе ВИМ используется новая система базы данных [2, 12, 13].Электронная таблица строится на основе первичной многомерной модели биологического объекта, составленной из двухмерных графических файлов, отражающих послойное строение биологического объекта; минимальная точка графического изображения (пиксель) путем преобразования становится строчкой в таблице. Таблица содержит основные элементы: трехмерные координаты точки, тканевую принадлежность точки, цифровые характеристики качественного состояния точки, а также характеристики связи точки с соседними точками. Одной из характеристик первичной многомерной модели является трехмерная координатная сетка, построенная тремя взаимно перпендикулярными плоскостями (X, У, Z). Каждая точка, располагающаяся в данной сетке, имеет трехмерную систему координат. В случае, если линии, сходящиеся от плоскостей X, У, Z в точке а, взаимно перпендикулярны, то данная трехмерная координатная сетка является жесткой. Если же угол между данными линиями отличается от прямого, речь идет о лабильной трехмерной координатной сетке. В зависимости от типа трехмерной координатной сетки точки в первичной многомерной модели могут быть либо объектными, либо условными. Объектной называется точка, располагающаяся в жесткой трехмерной координатной сетке и отражающая определенный объем тканей (например, в модели человеческого тела по НѴВ - 1 мм'), расположенная в строго определенной зоне (имеющая строгую координатную привязку), располагающаяся на определенном расстоянии от других точек. Условной называется точка, располагающаяся в лабильной координатной сетке. Такая точка является чисто виртуальной величиной, в которой объем, координаты и расстояние от других точек являются числовыми характеристиками данной точки. Каждая точка имеет определенные свойства, которые характеризуются набором числовых параметров, (числовой характеристикой точки) и способностью их изменения (функция). Числовая характеристика свойств точки представлена в виде вероятностных и абсолютных величин.
Числовые параметры точки делятся на типы: вероятностные, степенные, абсолютные. К вероятностному типу относятся числовые параметры, указывающие на возможность (вероятность совершения события). К ним относятся параметры вероятного присутствия конкретного свойства в точке, вероятности перехода информационного сигнала с одной точки на соседнюю, вероятности изменения свойства точки под действием информационного сигнала [2, 10]. К степенному типу относятся числовые параметры, показывающие в относительных величинах значение (величину) явления. Это параметры степени схожести объекта, явления свойства в конкретной точке аналогичным параметрам в иных точках (соседних, иных органов и тканей, точкам в нормальном состоянии и т. п.); степени значимости признака в формировании свойства или функции; степень изменения свойств точки под действием информационного сигнала. К абсолютному типу относятся экспертные значения параметров, измеряемых в конкретной точке. Числовые параметры заносятся в соответствующие столбцы электронной таблицы. Каждому типу числового параметра соответствует определенный столбец электронной таблицы. Столбцы электронной таблицы могут быть сквозными и скрытыми. Сквозные столбцы присутствуют во всей электронной таблице и относятся к каждой точке виртуальной информационной модели (каждой строчке электронной таблицы). Скрытые столбцы относятся только к отдельным точкам виртуальной информационной модели (отдельным строчкам электронной таблицы). Наличие скрытых столбцов, относящихся к конкретной строчке электронной таблицы, указывается в специально выделенном столбце, помещенном в начало каждой электронной таблицы.Параметры времени, а также веса (массы), объема точки также являются ее числовыми характеристиками и вносятся в электронную таблицу. Наряду с числовой информацией электронной таблицы связь между точками является одной из главных характеристик ВИМ. Связи могут быть ближними и удаленными. Ближняя связь является обязательным атрибутом любой точки в виртуальной информационной модели.
При этом каждая такая точка имеет связи с соседними 6 точками (условно: в вертикальной плоскости - верхняя, нижняя; в горизонтальной плоскости - северная, восточная, запад-ная и южная). Каждая строчка таблицы в своей особой части содержит информацию о характере связи точки с соседними точками. В частности, в электронной таблице - со строчками, которые соответствуют данным точкам. Минимальное число связей, которые имеет каждая точка - 6. В зависимости от сложности модели это может быть число 12, 24, и т. д., кратное 6. Ближние связи определяют жесткий костяк программы, проявляющийся наличием в каждой строчке электронной таблицы специальной функции GO ТО, передающей выполнение программы на строчки, соответствующие 6 (12, 24,..., 6/;) соседним точкам в первичной многомерной модели. Удаленная связь не является обязательным атрибутом каждой точки. Она дополнительно устанавливается для некоторых точек в зависимости от их функциональной нагрузки. Удаленные связи могут соединять любые точки виртуальной информационной модели.
3.
Еще по теме Материалы и методы:
- 2.1 Материалы и методы экспериментального исследования
- Материалы и методы исследования
- Материалы и методы
- Глава 2 Материалы и методы
- Материалы и методы
- Материалы и методы
- Материалы и методы
- Материалы и методы
- Глава 2. Материалы и методы исследования
- Материалы и методы исследования