СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ.................................................................................................................... 3

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.....................................................

ГЛАВА Л ПАРАЗИТЫ И СИМБИОНТЫ ГЕНОМА ЧЕЛОВЕКА................... 10

1.1. Проретроэлементы и проретровирусы........................................................ 10

Проретроэлементы (10), Интроны и экзоны (11).

Проретровирусы (12). Ретровирусная эволюция (15)

1.2. Ретроэлементы генома современного вида Homo sapiens...................... 17

Классификация транспозируемых элементов (17). Hc-LTR-ретроэлементы (22). LTR-ретроэлементы (22).

Эволюционная роль HERV-K (24). Эволюционная роль Ll-ретроэлементов (34). Эволюционная роль Alu-элемен- тов (37). Эволюционная роль ретро псевдогенов (46).

Прекращение инвазии транспозируемых элементов (47)

1.3, Ретровирусное окружение вида Homo sapiens........................................ 49

Структура и цикл жизни ретровирусов (50). Онкогенные ретровирусы (56). Лентивирусы (56). «Пенящиеся ленти- вирусы» (60). Инфицированность лентивирусами диких животных (60). Непатогенная инфекция (62). Реинтеграция и реинфекция ретровирусов (63). Коинфекция (67)

ГЛАВА 2. ВНУТРИКЛЕТОЧНЫЕ ПАРАЗИТЫ И СИМБИОНТЫ

МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ОРГАНИЗМОВ................................................................ 70

2.1. Первичный резервуар патогенных для человека

микроорганизмов........................................................................................................ 70

Предыстория проблемы (71). Простейшие и их паразиты (74).

Границы феномена сапронозного существования патогенных для людей микроорганизмов (78). Предадаптация к макрофагам (92). Исторические свидетельства (94)

2.2. Простейшие — симбионты многоклеточных...........................................

«Чужие здесь не ходят» (100). Возбудитель сибирской язвы (101). Возбудители бруцеллеза (104). Возбудитель туляремии (107). Возбудитель чумы (108). Вирус натуральной оспы (112). Микобактерии (113). Ретровирусы (118).

2.3. Архейские предки иммунной системы человека.................................... 122

Локус генов Ragl/2 (123). Суперсемейство иммуноглобулинов (123). Реликтовая иммунная система человека (126).

«Сборка» многоклеточных организмов (131). Третий акт творения — «кембрийский взрыв» (138). Торможение

поксвирусы (159). Трансмиссионный потенциал BHO (161). Продолжительность противооспенного иммунитета (161).

эволюции (139). Гуморальная и клеточная иммунные системы (142). Белки AID/APOBEC (144). TRIMSa (145)

ГЛАВА 3. ИНФЕКЦИОННЫЕ ПРОЦЕССЫ...................................................... 150

3.1. Циклические инфекционные (моно)процессы.......................................... 150

Генерализация поксвирусной инфекции (151). Антигенная детерминанта поксвирусов (156). Иммунные ответы на

3.2. Нециклические инфекционные процессы................................................ 163

Генерализация ВИЧ (163). Трансмиссионный потенциал ВИЧ (168). Нарушения иммунной системы при ВИЧ-инфекции (169). Антигенные детерминанты ВИЧ (171). Антитела с широким нейтрализующим действием (173). Антигенные свойства ѴЗ-домена gpl20 (175). Первичный антигенный грех (177). Комплемент (182). Феномен антителозависимого усиления инфекции (183). Инфекционно-эволюционные качели (188). Эволюционный смысл ВИЧ-инфекции (188)

3.3. Многокомпонентные нециклические инфекционные процессы.......... 190

Надклеточный уровень (190). Клеточный уровень (195).

Уровень генома (204)

ГЛАВА 4. ПАНДЕМИЧЕСКИЕ И ЭПИДЕМИЧЕСКИЕ

ПРОЦЕССЫ................................................................................................................ 207

4.1. Пандемические и эпидемические процессы, вызываемые

паразитами, использующими стратегию первого типа...........................

4.1.1. Терминология................................................................................................. 207

К определению терминов «природный очаг» и «природный резервуар» возбудителей инфекционных болезней (208).

Типы первичных природных резервуаров (209). Первичный природный очаг возбудителя инфекционной болезни (210). Вторичный природный очаг возбудителя инфекционной болезни (211). Общие свойства вторичных природных резервуаров возбудителей опасных инфекционных болезней (212)

4,1.2. Циклические пандемические и эпидемические

монопроцессы............................................................................................................ 216

Пандемии чумы (216). Пандемии холеры (230). Пандемии гриппа (240). Стадии эпидемических монопроцессов циклического типа (253). Незавершающиеся циклические эпидемические монопроцессы (263).

4.2. Пандемические и эпидемические процессы, вызываемые

паразитами, использующими стратегию второго типа......................... 273

4.2.1. Терминология........................................................................................... 273

Трудности терминологии для пандемических и эпидемических процессов нециклического типа (273). Терминология привычного для человека масштаба времени (274)

4.2.2. Нециклические пандемические и эпидемические

процессы..................................................................................................................... 280

Типовые периоды нециклического эпидемического (пандемического) процесса (280). Почему невозможно использовать вакцинацию в борьбе с ВИЧ/СПИД-пандемией (291)

4.2.3. Глобальные пандемические циклы................................................... 308

Морфологическая структура эпидемических очагов нециклического типа (309). «Молчащие педиатрические инфекции» (312). CCR5-peuenTop (312). «Змеиный клубок» (317). Эволюционные процессы в ВИЧ-инфициро ванных популяциях людей (320). Возвращение оспы (322). Глобальный многовековой цикл циклических и нециклических инфекций (324)

4.3. «Болезни эндогенной ретровирусной активности»............................... 332

Инфицирование ретроэлементами генома таксона (332). Эпидемиология не-LTR-ретроэле ментов (334). Эпидемиология LTR-ретроэлементов (342). Суперантигенные свойства HERV и многокомпонентные нециклические инфекционные

процессы (348)

ЗАКЛЮЧЕНИЕ......................................................................................................... 352

СЛОВАРЬ ТЕРМИНОВ.......................................................................................... 355

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ........................................................................................ 368